Truyền thống cho biết rằng Thánh Tôma bị đâm chết bằng cây thương dài tại Mailapur, gần Chennai – một khu vực thuộc miền Nam Ấn Độ – vào năm 70 của thế kỷ thứ nhất. Thánh Tiến sĩ Ephrem nói rằng Thánh Tôma bị giết ở Ấn Độ, thi hài ngài được thương nhân Khabin đem đi an táng tại Urhai (Edessa) trong một thời gian dài, và sau đó, các Thánh Tích của Ngài đã được chuyển tới Edessa và nhiều nơi khác. Một số thánh tích của Thánh Tôma tông đồ vẫn còn được lưu giữ tại Vương cung thánh đường Thánh Tôma ở Chennai, Ấn Độ, gần nơi ngài qua đời.